Сергей Юрьевич Попов имеет большой опыт работы на различных должностях в подразделениях Пограничной Службы ФСБ России. Военную службу проходил на Дальнем Востоке, в Республике Таджикистан, в Северо-Кавказском регионе (Республики Дагестан и Ингушетия, Чеченская Республика).

В 2017 году из Пограничного управления ФСБ России по Саратовской и Самарской областям С.Ю.Попов переведён к новому месту службы на должность первого заместителя начальника Пограничного управления ФСБ России по Республике Карелия, с 2021 года исполнял обязанности начальника Пограничного управления ФСБ России по Республике Карелия.

За безупречную службу генерал-майор С.Ю. Попов награжден государственными и ведомственными наградами.